ในสมัยกรุงศรีอยุธยา ได้เพิ่มตำแหน่งสมเด็จพระสังฆราชเป็น สกลมหาสังฆปรินายก มีอำนาจว่ากล่าวออกไปถึงหัวเมือง โดยมีสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ เจ้าคณะใหญ่ฝ่าย คามวาสี เป็นสังฆราชขวาสมเด็จพระวันรัตเจ้าคณะฝ่ายอรัญวาสี เป็นสังฆราชซ้าย องค์ใดมีพรรษายุกาลมากกว่า ก็ได้เป็นพระสังฆราช ในปลายสมัยกรุงศรีอยุธยา พระอริยมุนี ได้ไปสืบอายุพระพุทธศาสนาที่ลังกาทวีป มีความชอบมาก เมื่อกลับมาได้รับสมณศักดิ์สูงขึ้นตามลำดับจนเป็นสมเด็จพระสังฆราช พระเจ้าเอกทัศน์มีพระราชดำริให้คงราชทินนามนี้ไว้ จึงทรงตั้งราชทินนามสมเด็จพระสังฆราชเป็น สมเด็จพระอริยวงศาสังฆราชาธิบดีและมาเป็น สมเด็จพระอริยวงศาญาณ ในสมัยกรุงธนบุรี และได้ใช้ต่อมาจนถึง รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าฯ จึงได้ทรงปรับปรุงเพิ่มเติมเป็น สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ ซึ่งได้ใช้มาจนถึงปัจจุบัน